评价结果主要分为四个等级，80分及以上为优秀， 70（含）—80分为良好，60（含）—70分为合格，60分以下为不合格。评价优秀的给予50万元奖励性补助，评价良好的给予40万元奖励性补助。不合格的孵化器，限期整改一年后参加下一年度的孵化器考评，仍不合格，取消自治区级孵化器资格。对不按规定时间和要求提供评价材料的孵化器，视为不合格；对提供虚假材料，发生重大安全事故或列入经营异常名录、失信“黑名单”的孵化器，取消其自治区级孵化器资格，并且2年内不得申报自治区级孵化器。

对晋升为国家级孵化器的，还将给予一次性100万元奖励性补助。孵化器和大学科技园认定主体及物理空间相同的，不重复奖励。