评价指标体系主要由定量评价、定性评价、加分项三方面构成。

定量评价包括基本情况、孵化企业及效率和孵化服务能力。

定性评价包括孵化案例、孵化服务资源网络建设、创业导师行动计划、管理规范等方面情况，评价周期内创业辅导、统计工作情况；双创升级的有关举措、推动大中小企业融通发展，产学研融通发展和以创业带动就业情况；评价周期大学生创办企业数量；毕业企业中上市或销售收入超过300万元的企业数量；孵化器开展特色工作或具有创新性的服务工作及突出服务案例。

加分项包括在区域范围内起到辐射带动作用及对当地创新创业文化氛围具有营造力情况；评价周期内孵化器获得各级政府部门支持的各类项目和荣誉情况；评价周期内获得自治区级以上科技计划和科技奖励的在孵企业数量占在孵企业总数的比例情况；评价周期内孵化器开展国际合作和海外高层次人才引进情况；评价周期内孵化器在创业苗圃和加速器建设情况；评价周期内孵化器中获得自治区级以上科技领军人才计划的人数情况。