近年来，巴彦淖尔市积极实施创新驱动发展战略，加快科技创新服务平台建设，引导各类创新要素向企业集聚，促进技术研发、成果转化，提升企业技术创新和市场竞争能力，高新技术产业发展加快。
   截截至目前巴彦淖尔市高新技术企业达到43家，比上年增长17家，增幅65%。高新技术企业工业总产值213.82亿元，比上年同比增长57.61%，高新技术企业营业收入实现206.18亿元，比上年同比增加59.19%，其中高新技术产品收入185.44亿元，比上年增加127.29%，技术性收入实现1483.28万元，比上年增长21.55%。高新技术企业出口5.85亿元，比上年增加21.72%，其中高新技术产品出口3.41亿元，比上年增加41.76%；境外直接投资3.74亿元。全市高新技术企业实现利润总额17.43亿元，净利润14.93亿元，比上年增长96.10%；实际上缴税19.04亿元，比上年增长216.14%；享受减免税总额1.42亿元，比上年增长177.06%；从业人员12329人，比上年增长8.43%；其中具有研究生以上学历的97人，比上年增长59.02%。科技活动经费支出达7.31亿元，比上年增长63.48%。当年拥有有效专利490件，比上年增长83.52%；发明专利121件，比上年增长168.89%；发表科技论文38篇，比上年增长850%；拥有注册商标260件，比上年增长53.85%；软件著作权47件，比上年增长113.64%；植物新品种11件，比上年增长450%；当年形成国家或行业标准3项，比上年增长50%；当年获得国家科技奖励1项；认定登记技术合同24项，比上年增长200%；技术合同成交额423.34万元，比上年增长388.84%。 
   按照《国家重点支持的高新技术领域》划分，巴彦淖尔市高新技术企业主要分布在五大领域，其中生物与新医药领域有19家，占总数的44.18%；新材料10家，占总数的23.25%；资源与环境7家，占总数的16.28%；高新技术改造传统产业5家，占总数的11.63%；电子信息2家，占总数的4.65%。我市高新技术企业主要以生物育种和农产品深加工企业为主，农畜产品加工企业集群迅速向高新技术提升。生物育种方面例如三瑞农科公司积极整合科技创新资源，建成向日葵研究院和自治区重点实验室，成立了抗列当、抗菌核病、分子育种三大科技攻关研发团队。公司拥有8项发明和外观专利；8项植物新品种权；11个商标权和9个著作权，科研实力居国内领先水平。成功培育出了拥有自主知识产权的食葵新品种——SH363、SH361。西蒙种业以玉米分子育种为主攻方向，研发了适合我国西北种植的抗寒、抗旱、中密、高产的西蒙6号等一系列品种，在分子标记和单倍体育种技术等方面取得创新，缩短了育种周期。应用整穗烘干、自动化流水线等种子加工工艺，提高了玉米种子的纯度、净度、芽率等关键技术指标。内蒙古蒙元宽食品有限公司建设了国家级星创天地、自治区企业技术中心、自治区工程研究中心、自治区企业研究开发中心、自治区科普示范基地等，研制生产了发酵肉制品及固态发酵乳制品等多个系列产品,并在关键环节取得专利28项，企业销售额保持每年30%以上的增速。富川、力农、草原宏宝、巴美养殖、蒙元兴禾、润泽源、润田等高新技术企业在饲料、肉羊繁育、有机肥料等方面均取得了骄人业绩，成为巴彦淖尔市农畜产品生产加工的亮点企业。京新药业、联邦制药、联邦动保、清源保等高新技术企业在生物医药方面快速发展。
   高新技术企业聚集了创新要素。巴彦淖尔市43家高新技术企业普遍建有企业研发中心，其中建成自治区级企业研发中心19个，国家工程技术中心1个，自治区工程中心5个，自治区重点实验室1个，产业技术创新联盟1个，国家级星创天地1个，院士专家工作站3个，博士科研工作站8个。创新平台载体的建设聚集了一批高层次人才。全市高新技术企业研发机构从业人员1277人，其中引进外籍专家3人，留学归国人员5人，博士17人，硕士77人，吸纳高校应届毕业生751人。各类创新平台载体购置科研仪器设备8525.92万元，研发机构科技投入达3.76亿元，占全部高新技术企业科技投入7.32亿元的51.36%。由此带来的回报是研发机构开发新产品产值达到25.21亿元，占到高新技术企业总产值的11.73%。