自治区野外观测站的主管部门包括自治区有关部门、盟市科技管理部门、国家级高新区以及中央驻区有关单位、自治区直属高校、科研院所，其主要职责包括：

1、贯彻自治区野外观测站发展政策和规章制度，支持自治区野外观测站建设和发展，配合做好自治区野外观测站管理工作。

2、落实自治区野外观测站建设和运行所需相关条件，协调解决相关重大问题。

3、组织并支持本部门、本区域自治区野外观测站开展联合协作观测与自主创新研究。

4、负责本部门、本区域自治区野外观测站的建设培育、审核推荐等工作。