《管理办法》重点修订内容包括：
    1.不再区分学科类和企业类。落实国家重点实验室重组文件要求，对自治区重点实验室不再区分学科类和企业类实验室，更加强调高校、科研院所、企业联合共建重点实验室，推动产学研用联合攻关和协同创新。
    2.提出开展实验室优化重组。结合自主评估、年度考核、定期评估的情况，根据通过充实、调整、整合、撤销、新建等方式对重点实验室进行优化重组，不断优化实验室体系。
    3.改进管理方式。将实验室申报方式由原来的“集中申报，集中评审”改为“常年申报、定期筛选”和重大紧急需求的情况下采用“成熟一个，启动一个”的申报方式。加大实验室运行监督力度，对于评估、整改不通过的，年度考核不合格的实验室撤销重点实验室资格。
    4.加强实体化建设。鼓励实验室实体化建设、运行、管理，在团队建设、财务制度、科研组织等方面享有更大自主权。顺应重点实验室的发展趋势，对自治区重点实验室管理运行机制提出了一些新的要求。
    5.提高团队建设标准。参照多个省市的做法，从项目承担、人员数量结构、高级职称比例等方面提高申报实验室要求。例如，要求实验室近三年累计承担省部级以上科研项目数量达到3项，将固定人员由10人提高到20人以上，对高级职称或博士学位人员占总人数比例提出要求，这些内容保证了实验室的适当建设规模和建设质量。
    6.加大依托单位的经费投入。要求依托单位对实验室加大投入，建设前3年累计投入建设、运行经费不低于500万元。要求依托单位加强对实验室自主评估；将依托单位给予实验室的运行经费从30万元提高到50万元。进一步强化依托单位的主体责任。